29 сентября 1938г. в Мюнхене главы правительств Великобритании, Франции, Италии и Германии подписали договор, который вынудил Чехословацкую Республику удовлетворить требования Гитлера и передать Германии обширные пограничные области с преимущественно немецким населением.

    Лишившись около 30 % территории и 34 % населения. Чехословакия попадала во все большую зависимость от Германии, а 15 марта 1939 г. по воле нацистов была полностью ликвидирована как суверенное государство.

    Оккупированные вермахтом чешские земли под названием «Протекторат Богемия и Моравия» были присоединены к Третьему рейху, а в Словакии образовано марионеточное «Словацкое государство». Безудержное разграбление оккупантами экономических ресурсов страны, уничтожение национальной культуры, физическое истребление населения привели к возникновению в чешских землях антифашистского движения Сопротивления. Группа ведущих политиков домюнхенской Чехословакии во главе с Э.Бенешем создала в эмиграции заграничный центр Сопротивления, целью которого было восстановление республики. Из постоянно проживавших за рубежом чехов и словаков, а также из тех, кому удалось покинуть оккупированную родину, формировались чехословацкие заграничные войска. Сначала был создан легион в Польше, затем сухопутная дивизия и отряды летчиков во Франции. После капитуляции Франции чехословацкие подразделения формировались в Великобритании и на Ближнем Востоке. Своим участием в войне они должны были символизировать существование Чехословацкого государства и облегчить признание эмигрантского правительства как представителя его интересов.

    В Великобритании дислоцировалась Отдельная чехословацкая бригада, насчитывавшая более 4,5 тыс. чел. На Ближнем Востоке действовали 2-й чехословацкий батальон, позже преобразованный в 200-й легкий зенитный полк в составе 1325 чел. Кроме того, в английских ВВС служило более 100 чехословацких летчиков.

    После нападения Германии на Советский Союз, между эмигрантским правительством Чехословакии и правительством СССР 18 июля 1941 г. было подписано соглашение о действиях в войне, а 27 сентября 1941 г. оно было дополнено военным соглашением. На основании этих документов в феврале 1942 г. в г. Бузулук Оренбургской области началось формирование 1-го Чехословацкого отдельного пехотного батальона под командованием полковника Людвига Свободы. В состав батальона вошли военнослужащие бывшего Чехословацкого легиона в Польше, чехословацкие беженцы, нашедшие убежище на советской территории, а также советские граждане чешской и словацкой национальности. К 15 ноября 1942 г. батальон был полностью вооружен новейшим советским оружием и 30 января 1943 г. в составе 974 чел. отбыл на фронт под Харьков. Он стал первой союзнической частью на советско-германском фронте. Боевое крещение батальон получил в боях 8—9 марта 1943 г. у села Соколове под Харьковом.

    Весной 1943 г. на базе батальона было начато формирование 1-й Чехословацкой отдельной бригады. Осенью 1943 г. — зимой 1944 г. бригада участвовала в боях за освобождение Киева, Белой Церкви, Жашкова и других украинских городов и сел. В августе 1944 г. в районе г. Черновцы был сформирован 1-й Чехословацкий армейский корпус.

    На оккупированных землях весной 1942 г. появились первые партизанские группы. 27 мая 1942 г. чехословацкие патриоты, посланные эмигрантским правительством, убили протектора Богемии и Моравии Р. Гейдриха. Это убийство оккупанты использовали для организации террора в ходе которого было казнено свыше 2 тыс. чел.

    Победы советских войск под Сталинградом и Курском вдохновили чехословацких патриотов на усиление партизанской борьбы и саботажа. Для активизации движения Сопротивления в 1944 г. в Чехословакию были направлены советские партизаны: группы П.А.Величко, А.С.Егорова и др. В сентябре 1944 г. части Красной Армии вступили на землю Чехословакии, но процесс ее освобождения затянулся до весны 1945 г. финалом борьбы чехов и словаков за национальное освобождение стало Пражское восстание 5—9 мая 1945 г.